En el año 1996, el Consejo de Directores segrega la Facultad de Ciencias Naturales, Médicas y Tecnológicas, crea la Facultad de Medicina y Ciencias de la Salud, con las Escuelas de Medicina y de Ciencias de la Salud, designando como Decano al Dr. José Antonio Lara, con especialidad en Cirugía General.
Luego en el año 1997 se abrió la Extensión de la Escuela de Medicina en la Sede Regional de David, Provincia de Chiriquí bajo la Dirección del Dr. Carlos Camilo Caballero Araúz, médico especialista en Medicina Familiar.